前言#

TIP

准备工作 配体smiles，蛋白 smiles\

代码#

import pandas as pd
from openbabel import pybel
import os
from tqdm import tqdm

# 读取csv文件
data = pd.read_csv('filtered_Q16790.csv')

# 获取总行数
total_rows = len(data)

# 创建目标目录，如果不存在的话
output_dir = '/home/zjlab/dock/8w_yanzhengji_dock/Q16790/docking_input'
if not os.path.exists(output_dir):
    os.makedirs(output_dir)

# 遍历每一行，显示进度条
for index, row in tqdm(data.iterrows(), total=total_rows):
    smiles = row['smiles']
    index_num = row['index']  # 假设这里的'index'是你想要的列名
    output_file = os.path.join(output_dir, f'docked_{index_num}.sdf')
    
    # 检查目标文件是否已存在
    if os.path.exists(output_file):
        continue

    # 生成sdf文件
    mol = pybel.readstring('smi', smiles)
    mol.addh()
    mol.make3D()
    mol.write('sdf', output_file)